Origen y evolución de las proteínas TRIM: clave a partir del repertorio completo de TRIM de pez cebra y pez globo.

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Proteínas motivo tripartita (TRIM) constituyen una gran familia de proteínas que contiene un motivo de bobina espiral RING-Bbox seguido por diferentes dominios C-terminal. Involucrados en la ubiquitinación, proteínas TRIM participan en muchos procesos celulares, incluyendo la inmunidad antiviral. La familia TRIM es antigua y se ha diversificado mucho en los vertebrados y especialmente en peces. Se analizaron las series completas de genes trim del genoma del pez cebra y del compacto genoma del pez globo. Ambos contienen tres subconjuntos de múltiples genes grandes - la adición de los genes como hsl5/trim35 (hltr) a la ftr y la btr que se ha descrito anteriormente - todos las que contiene un dominio B30.2 que evoluciono bajo la selección positiva. Estos subgrupos se conservan entre los teleósteos. Por el contrario, la mayoría de los genes trim humano de las otras clases tienen sólo uno o dos ortólogos en el pez. Pérdida o ganancia de exones C-terminal genera las proteínas con las organizaciones de dominio diferente, ya sea mediante la supresión de los dominios ancestrales o, sorprendentemente, por la adquisición de un nuevo dominio C-terminal. Nuestro estudio de los genes trim en peces identifica subgrupos con diferente dinámica evolutiva. Trims codifica proteínas RBCC-B30.2 que muestran la misma tendencia evolutiva de los peces y los tetrápodos: que evolucionan rápidamente, a menudo bajo la selección positiva, y que se multiplican para crear familias multigénica. Podríamos identificar nuevas combinaciones de dominios, que resumen cómo las nuevas clases de trim aparecen por inserción del dominio o arrastre (shuffling) del exón. En particular, se encontró que un dominio de ciclofilina -A sustituye al dominio B30.2 de un gen fintrim del pez cebra, como se informó en el TRIM5α antirretroviral del macaco y el mono búho. Finalmente, los genes que codifican proteínas RBCC-B30.2 se localizan preferentemente en las proximidades de MHC o el gen de MHC parálogos, lo que sugiere que tales genes trim puede haber sido parte del MHC ancestral.