Hay grandes diferencias entre sexos a nivel genético, estas diferencias incluyen cromosomas sexuales heterogamético y / o diferencias en la expresión de genes entre los sexos. En la trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss) estudios de qRT-PCR han encontrado diferencias significativas en la expresión de varios genes candidatos de determinación del sexo. Sin embargo, estos genes representan una fracción muy pequeña del genoma y la investigación en otras especies sugiere que hay una gran parte del transcriptoma que son expresados diferencialmente entre los sexos. Estas diferencias son especialmente notables cuando la diferenciación gonadal y la maduración se ha producido, pero se sabe menos en las primeras etapas de desarrollo. Aquí se utilizan los datos de un microarray y qRT-PCR para identificar genes expresados diferencialmente entre los sexos en tres momentos de la pre-eclosión de embriones, antes de la fecha conocida de la diferenciación sexual en esta especie.El estudio de microarrays reveló 883 funciones expresados diferencialmente entre los sexos, con aproximadamente el mismo número de características reguladas rio arriba entre machos y hembras a través de los puntos de tiempo. La mayoría de los genes expresados diferencialmente en el microarray no estaban relacionados con la función sexual, lo que sugiere diferencias a gran escala en la expresión génica entre los sexos están presentes en el desarrollo temprano. El análisis de genes candidatos reveló sox9, DMRT1, Nr5a1 y wt1 se regulan río arriba en los machos en algunos puntos en el tiempo y foxl2, ovol1, fst y cyp19a1a se regulan río arriba en hembras en algunos puntos en el tiempo.Este es el primer estudio en identificar el dimorfismo sexual en la expresión del genoma durante la embriogénesis en los peces y demuestra que las diferencias de la transcripción están presentes antes de la finalización de gonadogenesis.
