Cadenas Pesadas de Imnunoglobulinas en medaka (Oryzias latipes).

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Los peces óseos presentan un sistema inmunológico, que se desarrolló de forma independiente de las de los animales que emigraron a la tierra 400 millones de años atrás. La publicación de las secuencias del genoma y la disponibilidad de varias bibliotecas de cDNA de medaka (Oryzias latipes) permitió realizar un análisis exhaustivo de las cadenas pesadas de las inmunoglobulinas presentes en este teleósteo.
Resultados: Se identificaron IgM e IgD por codificación de ESTs (expressed sequence tag), principalmente en el bazo, el riñón y branquias usando publicas bibliotecas de cDNA, pero no se encontró ninguna secuencia que codifica para IgT y otros isotipos de cadena pesada que se describe en peces. La IgM - ESTs corresponde con la secretada y formas de la membrana y, sorprendentemente, la última forma sólo presenta dos dominios constantes de cadenas pesadas. Esta es la primera vez que esta forma corta de membrana IgM es descrita en un teleósteo. Es diferente de la que identificó en teleósteos Notothenioid, ya que no presenta el patrón de empalme típico de membrana IgM. La identificada IgD-ESTs sólo presenta transcripciones de membrana, con s Cmu1 y cinco exone Cdelta. Además, existen EST con secuencias que no tienen ningún VH el cual perturban los marcos de lectura abierta. Una exploración del genoma medaka utilizando transcritos y lecturas cortas del genoma resulto con los exones Cmu y Cdelta en cinco zonas dentro de una región en el cromosoma 8. Algunos de estos exones no forman parte de los anticuerpos y se entremezclan, a veces, lo que sugiere un proceso de recombinación entre zonas. Un análisis de EST confirmó que no se expresan anticuerpos de la zona 3.Conclusiones: Los resultados sugieren que la duplicación del locus IGH es muy común entre los teleósteos, en donde la existencia de un proceso de recombinación, explica la homología de secuencia entre ellos.

Análisis comparativo de los genes sin intron en los genomas de peces teleósteos: Miradas en torno a su evolución y función molecular

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Este estudio evaluó la relación entre la presencia y función de los genes sin intron o genes con solo exón (SEG) en el genoma de cinco especies de teleósteos y su distancia filogenética. Los resultados revelaron que los genomas de Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Oryzias latipes, Gasterosteus aculeatus y Danio rerio son, respectivamente, compuesto de 2.83%, 3.42%, 4.49%, 4.35% y 4.02% de SEGs. Estos SEGs codifican para una variedad de familia de proteínas incluyendo claudinas, los receptores olfativos y las histonas, que son esenciales para diversas funciones biológicas. Posteriormente, se ha predicho y anotado SEGs en tres lubina, cromosomas de Dicentrarchus labrax que se han secuenciado y comparado los resultados con los cromosomas homológos del pez espinoso (G. aculeatus). Mientras que las características de anotación de tres cromosomas de Dicentrarchus D. reveló 78 (5,30%) genes sin intron, las comparaciones con aculeatus G. mostró que la composición de SEG y su orden varió significativamente entre los cromosomas correspondientes, incluso para aquellos con sintenia casi completa. Más de la mitad de SEGs identificados en la mayoría de las especies tienen al menos un gen de exón múltiple ortólogo en el mismo genoma, lo que proporciona una idea de su posible origen por retrotransposition. A pesar del hecho de que pertenezcan al mismo linaje, la fracción de SEGs previsto, varió significativamente entre los genomas analizados, y sólo una fracción baja de proteínas (4,1%) se conserva entre las cinco especies. Además, la distribución inter-específica de SEGs, así como las categorías funcionales compartidas por las especies no reflejan sus relaciones filogenéticas. Estos resultados indican que nuevos SEGs son continuamente e independientemente generados después de la divergencia de especies en el tiempo evolutivo como lo demuestran los resultados filogenéticos de los genes claudinas de sólo exón. Aunque el origen de SEGs no puede deducirse directamente de la filogenia, nuestros resultados proporcionan un fuerte apoyo para la idea de que retrotransposition seguido por duplicaciones en tándem es el evento más probable que puede explicar la expansión de SEGs en los organismos eucariotas.

Caracterización de un nuevo paralogo del receptor scavenger, clase B miembro 1 (SCARB1) en salmón del Atlántico (Salmo salar).

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El color rojo de la carne es una característica única que se encuentra en algunos géneros de salmónidos. Los pigmentos carotenoides no son sintetizados de novo en los peces, pero son proporcionados por la absorción dietética. Una mejor comprensión de los mecanismos moleculares que subyacen a la captación celular y la deposición de carotenoides podrían ser utilizadas para mejorar la baja tasa de deposición muscular que se encuentra típicamente en salmón atlántico de piscifactoría. Además, desde el punto de vista evolutivo, el establecimiento y mantenimiento de este rasgo es todavía poco conocida. Se ha demostrado en varias especies que los receptores scavenger clase B, miembro1 (SCARB1) participa en la absorción intestinal de los carotenoides, el cual hace de este gen, una posible fuente de variación genética en la pigmentación de la carne de salmónidos. En este estudio, un nuevo paralogo de SCARB1 (SCARB1-2) se detectó a través del screening para la variación genética de SCARB1 en el salmón del Atlántico. La longitud completa de SCARB1-2 codifica una proteína con 89% de identidad con SCARB1 de salmón del Atlántico, a excepción de la cola citoplasmática C-terminal que muestra sólo el 12% de identidad. El sitio más prominente de la expresión del ARNm de SCARB1 se encontró en el intestino medio, mientras que un nivel de cinco veces menor fue detectado en el músculo esquelético y el hígado en salmón del Atlántico. El ARNm devSCARB1-2 se expresó también en el hígado, el músculo y el intestino medio, y en un nivel inferior al ARNm dev.SCARB1. Un total de siete diferentes alelos de SCARB1-2 que comprende un potenciador de motivos repetitivos de zeste (EZH2) fueron identificados en los padres fundadores de una población de salmón del Atlántico. Se mapeo el paralogo SCARB1-2 a una región en el cromosoma 1 de salmón del Atlántico, que contiene un QTL putativo para el color de la carne. Además del marcador SCARB1-2 aumentó la importancia de este QTL, sin embargo, el intervalo de confianza que rodea el QTL se opone a la confirmación de SCARB1-2 como un gen causal que subyacente a la variación en este rasgo. Conclusión: Se han caracterizado un nuevo paralogo de SCARB1 (SCARB1-2), lo han localizado en el cromosoma 1 del salmón del Atlántico, y se ha descrito su expresión en varios tejidos. El mapeo con alelos de SCARB1-2 agregó una evidencia más para un QTL que afecta el color de la carne en este cromosoma, sin embargo se necesitan más estudios para confirmar el papel funcional de este gen en la pigmentación del color de la carne.