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Proteínas motivo tripartita (TRIM) constituyen una gran familia de proteínas que contiene un motivo de bobina espiral RING-Bbox seguido por diferentes dominios C-terminal. Involucrados en la ubiquitinación, proteínas TRIM participan en muchos procesos celulares, incluyendo la inmunidad antiviral. La familia TRIM es antigua y se ha diversificado mucho en los vertebrados y especialmente en peces. Se analizaron las series completas de genes trim del genoma del pez cebra y del compacto genoma del pez globo. Ambos contienen tres subconjuntos de múltiples genes grandes - la adición de los genes como hsl5/trim35 (hltr) a la ftr y la btr que se ha descrito anteriormente - todos las que contiene un dominio B30.2 que evoluciono bajo la selección positiva. Estos subgrupos se conservan entre los teleósteos. Por el contrario, la mayoría de los genes trim humano de las otras clases tienen sólo uno o dos ortólogos en el pez. Pérdida o ganancia de exones C-terminal genera las proteínas con las organizaciones de dominio diferente, ya sea mediante la supresión de los dominios ancestrales o, sorprendentemente, por la adquisición de un nuevo dominio C-terminal. Nuestro estudio de los genes trim en peces identifica subgrupos con diferente dinámica evolutiva. Trims codifica proteínas RBCC-B30.2 que muestran la misma tendencia evolutiva de los peces y los tetrápodos: que evolucionan rápidamente, a menudo bajo la selección positiva, y que se multiplican para crear familias multigénica. Podríamos identificar nuevas combinaciones de dominios, que resumen cómo las nuevas clases de trim aparecen por inserción del dominio o arrastre (shuffling) del exón. En particular, se encontró que un dominio de ciclofilina -A sustituye al dominio B30.2 de un gen fintrim del pez cebra, como se informó en el TRIM5α antirretroviral del macaco y el mono búho. Finalmente, los genes que codifican proteínas RBCC-B30.2 se localizan preferentemente en las proximidades de MHC o el gen de MHC parálogos, lo que sugiere que tales genes trim puede haber sido parte del MHC ancestral.
La leptina es una citoquina clave pleiotrópica implicados en la regulación de la homeostasis energética y la inmunidad de los mamíferos.En el bagre de canal, se ha identificado e investigado, la presencia de una secuencia parcial de ARN mensajero que codifica un péptido como leptina (LLP).Los objetivos del estudio es clonar y caracterizar la longitud total del gen LLP en el bagre, examinar la expresión de ARNm de LLP en tejidos, y determinar los efectos del ayuno prolongado y la exposición a Edwardsiella ictaluri (E. ictaluri),( la bacteria que causa la septicemia entérica del bagre), en la expresión del ARNm de LLP. La longitude total del gen LLP del bagre fue secuenciado por el genoma walking y por 5'-y 3'-RACE. El gen LLP del bagre contenía tres exones de la región codificante ubicadas en los exones 2 y 3.La secuencia de aminoácidos de LLP del bagre de canal comparten muy baja secuencias de similitudes con la leptina de otras especies de peces o la leptina de mamíferos (24-49%). Utilizando la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real, la expresión de mRNA de LLP se detectó en varios tejidos incluyendo el cerebro, estómago, bazo, corazón, hígado y el tronco del riñón y fue especialmente elevado en el hígado y en el tronco del riñón.Expresión del ARNm de LLP en el hígado y el cerebro fue similar entre los peces que se mantuvieron en ayunas por 30 días y los que recibieron alimento diario para 30 días (P> 0,10). Expresión del ARNm de LLP se incrementó en el hígado, el bazo y el tronco de los riñones dentro de 48 horas post-exposición a E. ictaluri en comparación con los peces no expuestos (p <0,05). Basándose en los resultados de los estudios actuales, la secuencia de aminoácidos de LLP en el bagre es muy diferente a la leptina de mamíferos y peces. A diferencia de la mayoría de los mamíferos, la expresión LLP en el bagre es independiente del estado de la energía. Sin embargo, la expresión de LLP en el bagre es mayor después de la exposición a las bacterias patógenas, que es similar a los mamíferos. Son necesarias nuevas investigaciones para definir claramente la función biológica y la regulación de LLP en el bagre.
Procesos epigenéticos (por ejemplo, la metilación del ADN) se han propuesto como mecanismos evolutivos potencialmente importante. Sin embargo, antes de sacar conclusiones acerca de su importancia evolutiva, se evaluó la independencia de las variaciones epigenéticas de la variación genética, así como el grado de polimorfismo de metilación en la naturaleza. Se evaluó las poblaciones naturales de un pez clonal, Chrosomus eos-neogaeus, por el cual individuos genéticamente idénticos pueden ser encontrados en ambientes distintos. Un estudio genómico confirma la uniformidad genética de los individuos, mientras que la metilación del ADN dio como resultado niveles sustanciales de variación inter-individual. Un estudio del estado de metilación de los dinucleótidos CpG de un fragmento de un retrotransposon confirmó una marcada diferencia en la composición de los tejidos epialelicos, así como entre los individuos. Este estudio proporciona más evidencia de la variación epigenética en la ausencia de variación genética y demuestra que este proceso puede ser una fuente de variación al azar en las poblaciones naturales.
Aunque el metabolismo energético en los mamíferos es sumamente regulada por adipocinas de los adipocitos, no está claro si este es el caso de los peces también. En este estudio, más de 30.000 “Etiquetas” de secuencias expresadas (EST) se obtuvieron a partir de tejido adiposo en la cavidad peritoneal de trucha arco iris Oncorhynchus mykiss y buscaron genes posiblemente relacionados con el metabolismo de los lípidos. Un gran número de EST codifica enzimas digestivas y las hormonas por lo general se encuentran en el páncreas de los vertebrados superiores, en consonancia con el hecho de que las células pancreáticas se encuentran dispersas en el tejido adiposo. Varias ESTs codifica apolipoproteína C-I, proteínas de unión a ácidos grasos y switch de proteína 2 de linfocitos G0/G1, que funcionan en el transporte de lípidos, la acumulación de ácidos grasos y la diferenciación de los adipocitos, respectivamente.Ninguna de las ETSs codifica adipocinas. Por lo tanto, se obtuvo un cDNA que codifica la adiponectina, una adipocina que regula la oxidación de la glucosa y los lípidos en los tejidos periféricos, utilizando ESTs de trucha arcoris en la base de datos pública.Análisis en tiempo real de RT-PCR reveló que sus niveles de transcripción fueron altas en el músculo y bastante bajo en el tejido adiposo. Estos resultados sugieren fuertemente que los adipocitos de trucha arco iris y otras especies de peces, posiblemente, a diferencia de los mamíferos, no están involucrados en la producción de adipocinas.
