Análisis comparativo de los genes sin intron en los genomas de peces teleósteos: Miradas en torno a su evolución y función molecular

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Este estudio evaluó la relación entre la presencia y función de los genes sin intron o genes con solo exón (SEG) en el genoma de cinco especies de teleósteos y su distancia filogenética. Los resultados revelaron que los genomas de Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Oryzias latipes, Gasterosteus aculeatus y Danio rerio son, respectivamente, compuesto de 2.83%, 3.42%, 4.49%, 4.35% y 4.02% de SEGs. Estos SEGs codifican para una variedad de familia de proteínas incluyendo claudinas, los receptores olfativos y las histonas, que son esenciales para diversas funciones biológicas. Posteriormente, se ha predicho y anotado SEGs en tres lubina, cromosomas de Dicentrarchus labrax que se han secuenciado y comparado los resultados con los cromosomas homológos del pez espinoso (G. aculeatus). Mientras que las características de anotación de tres cromosomas de Dicentrarchus D. reveló 78 (5,30%) genes sin intron, las comparaciones con aculeatus G. mostró que la composición de SEG y su orden varió significativamente entre los cromosomas correspondientes, incluso para aquellos con sintenia casi completa. Más de la mitad de SEGs identificados en la mayoría de las especies tienen al menos un gen de exón múltiple ortólogo en el mismo genoma, lo que proporciona una idea de su posible origen por retrotransposition. A pesar del hecho de que pertenezcan al mismo linaje, la fracción de SEGs previsto, varió significativamente entre los genomas analizados, y sólo una fracción baja de proteínas (4,1%) se conserva entre las cinco especies. Además, la distribución inter-específica de SEGs, así como las categorías funcionales compartidas por las especies no reflejan sus relaciones filogenéticas. Estos resultados indican que nuevos SEGs son continuamente e independientemente generados después de la divergencia de especies en el tiempo evolutivo como lo demuestran los resultados filogenéticos de los genes claudinas de sólo exón. Aunque el origen de SEGs no puede deducirse directamente de la filogenia, nuestros resultados proporcionan un fuerte apoyo para la idea de que retrotransposition seguido por duplicaciones en tándem es el evento más probable que puede explicar la expansión de SEGs en los organismos eucariotas.